El historiador Aritz Ipiña ha analizado cientos de expedientes de depuración, así como juicios sumarísimos instruidos por las autoridades militares, con los que reconstruir el proceso que sufrió todo el personal de los diferentes cuerpos de la institución, como el de Arbitrios, Caminos, Hacienda, Instrucción Pública, Oficinas Centrales, Miñones, Imprenta Provincial o Draga Euskalerria.

El castigo contra los defensores de la legalidad republicana comenzó el 21 de junio de 1937 con la llegada a la presidencia de la Diputación del tradicionalista Luis de Llaguno. El trabajo incluye un listado completo de todos los trabajadores y trabajadoras que fueron destituidos, sancionados, repuestos o jubilados por los franquistas, centrándose en sus historias de vida que facilitan la comprensión de cómo y por qué fueron reprimidos por los fascistas.

El proceso depurador lo ejerció una oficina constituida el 5 de octubre de 1937, que finalizó su trabajo en junio de 1938. Fueron repuestos sin sanción 431 trabajadores, el 37,67% de la plantilla. Otros 178 funcionarios, el 15,56%, lo fueron con una sanción económica. La amplia mayoría eran técnicos con muchos años de experiencia y muy necesarios para el correcto funcionamiento de la administración, por lo que en lugar de ser destituidos fueron castigados con una sanción económica o/y la degradación.

El número de destituidos se elevó hasta el 44% de la plantilla, 502 empleados. Al menos otros 256 trabajadores sufrieron un juicio militar. Catorce funcionarios fueron fusilados por los franquistas una vez fueron detenidos.

El cuerpo de Miñones fue el que más sufrió la brutal represión por su compromiso con el Gobierno de José Antonio Agirre y la República. Nueve de sus 131 miembros fueron fusilados, mientras que otros 36 fueron arrestados. Muchos miñones participaron en los combates contra los sublevados, mientras que otros instruyeron a milicianos, mantuvieron el orden público o hicieron de escoltas del lehendakari.

La represión franquista no solo afectó al funcionariado, sino que la propia institución sufrió la venganza de los sublevados con la abolición del Concierto Económico, apropiación de la red de carreteras y escuelas de barriada, que pasaron a depender del Estado franquista, y la supresión o el ostracismo de varios cuerpos, como los Miñones, el Magisterio de Barriada o la draga Euskalerria.